Search results for "Stehiometriskā modelēšana"
showing 2 items of 2 documents
Mākslīgā intelekta izmantošana uz stehiometriskiem modeļiem bāzētu organismu celmu izvēlē un metaboliskajā inženierijā biotehnoloģijā
2021
Stehiometrisko genoma mēroga modeļu analīze ar katru gadu kļūst aizvien populārāka metode organismu analīzei, potenciālo modifikāciju meklēšanai un vispārīgi palīdz izvairīties no liekiem laboratorijas eksperimentiem. Tajā pašā laikā būtiski palielinās arī metabolisko reakciju, metabolītu un gēnu datu bāžu izmēri. Šie abi iemesli noved pie nepieciešamības pēc metodēm un algoritmiem, kas spētu apstrādāt aizvien pieaugošos datus un atvieglot metabolisko modeļu izveidi un apstrādi. Šajā darbā tiek izstrādāts kStrainAlgorithm, kurš izmanto ģenētiskos algoritmus, lai pildītu trīs galvenās funkcijas: 1) spēt identificēt nepieciešamās reakcijas genoma mēroga stehiometriskā modeļa darbībai, 2) izma…
Crypthecodinium cohnii metabolisma matemātiskā modelēšana DHA ražošanas optimizācijai
2020
Datormodelēšana un bioķīmisko ceļu simulēšana ir sistēmbioloģijas pamatnostādnes, un pastāv vairākas metodes, kas var palīdzēt šo sistēmu izpētīšanā. Darbā izmantota divu sistēmbioloģijas modelēšanas metožu pieeja šūnu taukskābju sintēzes metabolisma pētīšanai. Darba ietvaros izveidots kinētiskais modelis, kas ietver glikolīzes ceļa reakcijas un reakcijas, kas ved līdz taukskābju sintezējošajam enzīmam- FAS, kā arī pilnveidots genoma izmēra metaboliskais modelis dinoflagellātam Crypthecodinium cohnii. Kinētiskais modelis tika parametrizēts saskaņā ar pieejamajiem eksperimentālajiem datiem. Aplūkoti stehiometriskajā modelī ietvertie metabolisma regulācijas mehānismi taukskābju sintēzei un ga…